什么是“嘌呤型”三螺旋dna

什么是“嘌呤型”三螺旋dna

“嘌呤型”或嘌呤-嘌呤-嘧啶型（r·ry）三螺旋中，第三条嘌呤链以反平行于watson-crick双螺旋嘌呤链的方向缠绕到双螺旋的大沟上，专一性地与嘌呤链结合。例如，典型的r·ry型三螺旋g·gc和a·at，其相应的结构单元三碱基体（图3-26）；其专一性体现在g对gc、a对at的识别。早期，在利用光谱学和超分离测量方法探索三链复合物时发现了g·gc和i·ic两种r·ry型三螺旋。后来，fresco等用亲和色谱法确认r·ry型三螺旋中也包括a·au∕i、i·au∕t和i·gc三螺旋。随后，又确认了g·gc、a·gc和t·at 3种典型的r·ry型三螺旋，以及c·at、a·gc和t·cg等相互作用较弱的三螺旋。研究发现r·ry型三螺旋（c·at、a·gc和a·at等）第三条嘌呤链和watson-crick双螺旋的嘌呤链以两个反-hoogsteen氢键相连接，且糖环的二面角限制在anti区。核磁共振实验在研究r·ry型、内含一个t·cg三碱基体的g·gc三螺旋（karen, 1994）时，发现所有的糖环构象包括t·cg的转化位点，均采取接近于c2′-endo的堆积形式。在三螺旋中，c2′-endo的糖环构象在每一条链上的分布按下列顺序增加：嘧啶型＜双螺旋的嘌呤链＜第三条嘌呤链。从目前的情况看，有关糖环构象以及r·ry型三螺旋整体结构尚需详细研究。在r·ry型三螺旋中，第三条核苷酸链的加入引起了扭转角和x位移的变化。结果显示，此三螺旋既不同于通常的a型也不同于b型dna。双螺旋的碱基对向小沟方向移动了约19nm(原文为"-19nm"疑为"波浪线19nm")，以此来容纳大沟上的第三条链（图3-27）。总之，三螺旋中的双螺旋区似乎并未受到第三条链太大的影响，而且双螺旋区的碱基堆积形式有些像a型dna。然而与a型dna不同的是双螺旋区的大部分核苷酸的糖环构象是s型而非n型，r·ry型三螺旋的详细结构仍需进一步研究。