我恳求那些真正知道谜底的柯迷们！！我求你们了！

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您好！我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能够回答您的问题！
看起来，你还是一个新人。对主要剧情不是很熟悉。
柯南原名工藤新一，工藤新一十七岁，正在读高中，是有名的高中生侦探。在一次与青梅竹马毛利兰去游乐园的时候，目击了黑衣人（黑衣组织）的不正当交易——结果被后面接近的同党打晕，并且灌下了APTX4869这种药物，当工藤新一醒来之后，发现自己变成了自己七岁时候的样子——变小了。
工藤新一的邻居是一个发明家，这个发明家就是阿笠博士，工藤新一的爸爸妈妈分别是工藤优作（著名侦探小说家）、工藤有希子（前女影星，20岁的时候隐退结婚），工藤新一变小后利用他与生俱来的推理能力让阿笠博士相信了自己的身份，并且化名为江户川柯南。
柯南一边寄居在侦探毛利小五郎的事务所、一边继续谈听着黑衣组织的情报。有一天班里来了一个女转学生，叫做灰原哀（详见TV版129）。后来柯南知道了这个女孩的真正来历：灰原哀原名宫野志保，同在组织的姐姐叫做宫野明美。宫野志保负责研究父辈就开始的药物：APTX4869。.是一种看不出任何痕迹却可以致人死地的药物。药物初步研究成功后，宫野志保却得知姐姐宫野明美被组织射杀（详见128集），失去了世界上唯一的亲人（志保的父母死于一场所谓的“意外事故”），宫野志保开始反抗组织，终止了对药物的研究。组织身份较高的GIN将她关了起来，她绝望之中拿出了自己研究的APTX4869准备了结生命，结果发生了和工藤新一一样的情况：变小了。变小后的宫野志保通过狭小的垃圾道爬了出去。
由于之前在药物实验的过程中，宫野志保遇到过有老鼠变小的情况，她已经知道唯一一个被组织用了那种药、却不能确认死亡人——工藤新一肯定也是被变小了，按照她目前的处境，工藤新一应该最理解她，所以她现在唯一的活路就是找到工藤新一。
变小后的宫野志保晕倒在工藤新一的门口，被工藤新一的邻居阿笠博士救下，改名为灰原哀，向博士坦白了一切，并转学到了柯南所在的班级。而且组织还在不断地追杀她。
关于APTX4869：这个药物的研究目的并不是致人死亡，能够无声无息地杀死人只是最初的一步。根据贝尔摩得说的话：我们既是神也是魔鬼，我们要让时光倒流，让人起死回生。才是这个药物的初衷，这个药物的研究由灰原的父辈开始，也就是半个世纪前。具体的“让时光倒流”也不清楚，但可以确定的是能让人返老还童、变得更加年轻。（关于这一点，有很多人认为四十几岁却保持着二十多岁面貌的贝尔摩得可能是曾经的一个试验品）
所谓工藤新一介入了半个世纪前的秘密计划，实际上就是服用了APTX4869之后变小的那件事。

可能回答的不太完善，如果还有疑问请继续提出！
希望我的答案能够帮助到您！

关系：优作和工藤有希子是夫妻，柯南他们儿子，阿笠博士是他们好朋友（阿笠博士不是boss，73亲口否认了），灰原哀是逃离组织
那句话的意思是因为工藤家世代推理能人辈出，所以嘛就成了组织的目标了呗！

我觉得是让死者复苏的药。因为以前在日记写的：“我们是上帝，也是恶魔。因为我们要违逆时光的洪流，让死者从新复苏。（苦艾酒说的。）”

工藤优作和有希子是夫妻，他们的孩子就是工藤新一，他们家隔壁是阿笠博士，新一被黑衣组织灌下毒药却误打误撞变小了，而那毒药就是宫野志保（哀本名）制作的，后来志保逃出组织也吃下毒药变小，被阿笠博士救了。
哀的那句话应该是说组织从半世纪前就有一项秘密计划，而那项计划和柯南与组织之间的联系------APTX4869的让人变小的能力有关（我觉得可能是长生不老啊死而复生什么的）。

那句话我觉得其实只是指工藤在第一话误打误撞地吃了变小药，她所说的“秘密计划”其实只是指“变小药”而已

这个只有73大叔才知道吧，现在最新的说法是阿笠博士是最后的boss。。从很久以前就盯上工藤一家了，如果是这样，小哀那句话也就能解释了