如何预测具有miRNA结合位点的环状RNA

如何预测具有miRNA结合位点的环状RNA

如何预测具有miRNA结合位点的环状RNA
长链非编码RNA（10ngnon-coding RNA，lncRNA）是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA，可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能． 近年来的研究表明，lncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA（competing endogenous RNA。
环状RNA：
动物体内的环状RNA（Circular RNA,CircRNA）是一类具有特殊未知功能的RNA，而且是客观大量存在的。
环状RNA由前体RNA通过剪切，然后由线性RNA的头对尾连接形成，以前的研究由于技术水平的限制，把
这部分客观存在的RNA忽略了，随着深度RNA测序及规模化生物信息技术的发展，研究者才真正发现在生
物体内大量存在环状的RNA分子，环状RNA由于形成闭合的环状，在生物体内非常的稳定。
重要作用及研究意义：

在对circRNA 结构和功能研究的基础上，有研究人员发现它们在动脉粥样硬化，神经系统紊乱，糖尿病和
肿瘤等疾病发生过程中，发挥非常重要的作用。对环状RNA研究具有重要的意义:

1）circRNA独具的竞争性内源（ceRNA）特征可为药物开发提供新的思路；
2）circRNA的组织特异性和稳定性有可能使circRNA成为一种良好的生物标志物；
3) circRNA 的研究为生命的进化研究提供新的方向。
功能特征：
对于环状RNA的具体功能尚未有明确研究报道，目前只有几种假定的说法:

1）circRNA可以作为“sponge”海绵吸miRNA ，抑制其功能；
2) circRNA通过碱基互补配对直接调控其他RNA水平；
3）circRNA能与蛋白质结合, 抑制蛋白质活性、募集蛋白质复合体的组分或调控蛋白质的活性；
4）circRNA也可作为翻译的模板指导蛋白质的合成。
研究策略：
一、环状RNA确定与筛选
1）环状RNA生物信息学预测
2) 环状RNA高通量测序
3）环状RNA表达丰度检测
4）FISH 检测环状RNA的亚细胞定位
5）NorthernBlot 检测环化RNA的存在
二、环状RNA的功能研究
1）环状RNA的过表达实验（Gain of function）
2）环状RNA功能缺失实验（Loss of function ）
三、环状RNA的表达调控
1）环状RNA与miRNA互作结合生物预测及实验验证
2）环状RNA与miRNA相互作用预测研究
3）环状RNA与蛋白相互作用研究