请问3月25号报关出口的货物，电子口岸未查到报关单号和核销单号，在做3月份帐时要确认收入吗？

请问3月25号报关出口的货物，电子口岸未查到报关单号和核销单号，在做3月份帐时要确认收入吗？

这个确认收入每个公司的标准是不一样的。
有的是只要离开公司就行，有的是要以提单上的实际离境日期为准的等等情况都有。
这个要视你公司的具体情况而定，与报关单在电子口岸上有没有信息应该是没有关系的。
你后来提到的申报3月出口货物讲的是报税吗？
电子口岸没有信息并不代表货物没有出口，有一种情况是海关内网的数据传输到电子口岸时发生迟滞、阻塞，又或者这批货物未结关。
如果你的退税联都拿到手了，就说明结关了。
你可以让报关员到海关申报现场向海关说明这一情况，补发送一下即可。