怎么用oligo6根据已知下游设计上游引物
答案:1 悬赏:30
解决时间 2021-03-15 21:57
- 提问者网友:夢醒日落
- 2021-03-15 12:13
怎么用oligo6根据已知下游设计上游引物
最佳答案
- 二级知识专家网友:三千妖杀
- 2021-03-15 13:50
你要自己先粗略看一下引物设计的是否合乎基本的一些原则,然后再用软件评价。怎么样确定上下游引物和编辑引物不用我多说吧,我就从第三个标签“analyze"说起吧。
1、duplex formation:这是评价引物二聚体形成的,包括自身形成二聚体和引物间二聚体,主要是看引物3‘端有无配对碱基(最好没有)。其中的current oligo是当你对引物进行了编辑(如加入酶切位点)时,对原始引物进行的分析。(下同)形成的二聚体要看能值G(得它不会输入啊!),能值越低越好,最好不要超过4.5(下同)
2、hairpin formation:是看引物自身能否形成发夹结构,主要也是看3’端不要形成发夹结构。还要看形成发夹结构的能值,不超过4.5。如果引物中加入酶切位点,可能会有发夹结构且能值不会太低,这就需要灵活控制退火温度了。
3、composition and Tm:分析上下游引物的碱基组成,GC比和Tm值,原则我就不多说了。
4、false priming site: 如果模板不是基因组DNA,而是一个特定模板序列,需要进行错配的分析,看你的引物(尤其3‘端)是否与特定模板的其他位点结合。一般错配的引发效率以不超过100为好,但并不绝对,如果正确结合位点的引发效率为450以上,而有一个错配的引发效率是120左右的,这个引物也是可以接受地!!
5、PCR:总结性的显示引物位置,产物大小,Tm值等参数,你可以横向比较一下,尤其是给了一个optimal annealing tem还是可以参照一下地。也给了简单的评价供参考。
来源:bbs.dxy.cn
1、duplex formation:这是评价引物二聚体形成的,包括自身形成二聚体和引物间二聚体,主要是看引物3‘端有无配对碱基(最好没有)。其中的current oligo是当你对引物进行了编辑(如加入酶切位点)时,对原始引物进行的分析。(下同)形成的二聚体要看能值G(得它不会输入啊!),能值越低越好,最好不要超过4.5(下同)
2、hairpin formation:是看引物自身能否形成发夹结构,主要也是看3’端不要形成发夹结构。还要看形成发夹结构的能值,不超过4.5。如果引物中加入酶切位点,可能会有发夹结构且能值不会太低,这就需要灵活控制退火温度了。
3、composition and Tm:分析上下游引物的碱基组成,GC比和Tm值,原则我就不多说了。
4、false priming site: 如果模板不是基因组DNA,而是一个特定模板序列,需要进行错配的分析,看你的引物(尤其3‘端)是否与特定模板的其他位点结合。一般错配的引发效率以不超过100为好,但并不绝对,如果正确结合位点的引发效率为450以上,而有一个错配的引发效率是120左右的,这个引物也是可以接受地!!
5、PCR:总结性的显示引物位置,产物大小,Tm值等参数,你可以横向比较一下,尤其是给了一个optimal annealing tem还是可以参照一下地。也给了简单的评价供参考。
来源:bbs.dxy.cn
我要举报
如以上问答内容为低俗、色情、不良、暴力、侵权、涉及违法等信息,可以点下面链接进行举报!
大家都在看
推荐资讯