大额救助款扣除是否合理

是的，属于补助范围的

(一)资助医疗救助对象缴纳参加当地新型农村合作医疗个人缴费应负担的资金(每人每年10元)，并享受合作医疗待遇。     (二)医疗救助对象在新型农村合作医疗规定范围内的住院费用（县合作医疗中心审核认可），扣除合作医疗补偿后的当年总额超过1000元的，按不低于扣除合作医疗补偿后金额的40%给予救助。         (三)对门诊特殊病种（具体病种种类、数量各县（市）区可根据各地实际情况研究确定）的治疗，在医保目录范围内的当年累计治疗费用超过1000元的，按不低于当年符合规定的特殊门诊治疗费用总额的40%给予救助。     (四)年度合计救助金额原则上不超过10000元。