gromacs怎么读取一个分子的运动轨迹

gromacs怎么读取一个分子的运动轨迹

首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为dump.pdb 这里要说明一下：文件名的后缀必须是VMD能识别的，建议使用pdb格式或xyz格式的（VMD默认就能打开的格式）。
打开VMD，成功导入轨迹文件或分子文件，VMD main窗口，filesave coordinatesSelected atoms 选择 all；File type选择 pdb,或xyz。Frames下面用默认的就行。格式转换后的文件存在VMD的安装主目录下。
其次为用于给原子着色的数据文件，就是想让原子按哪些数值显示颜色，命名为user.data 数据文件的名字无所谓，但其格式有要求，数据文件里的数值只有单一的一列，而且从第一个值到最后一个值必须与轨迹文件中的原子一一对应，数值之间不能空行。