RPKM值是怎么计算的
答案:2 悬赏:40
解决时间 2021-02-10 02:06
- 提问者网友:纹身骑士
- 2021-02-09 11:32
RPKM值是怎么计算的
最佳答案
- 二级知识专家网友:放肆的依賴
- 2021-02-09 12:26
RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法,在衡量基因表现量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量,在统计上是一件相当不合理事,因为在随机抽样的情况下,序列较长的基因被抽到的机率本来就会比序列短的基因较高,如此一来,序列长的基因永远会被认为表现量较高,而错估基因真正的表现量,所以Ali Mortazavi等人在2008年提出以RPKM在估计基因的表现量。
RPKM是将map到基因的read数除以map到genome的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。
其公式为:
其中,total exon reads / mapped reads (millions) 可以视为所有read 数中有百分之多少是map 到这个基因,然后再除以基因长度,就可以某基因得到单位长度有百分之多少的total mapped read 有表现。
RPKM是将map到基因的read数除以map到genome的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。
其公式为:
其中,total exon reads / mapped reads (millions) 可以视为所有read 数中有百分之多少是map 到这个基因,然后再除以基因长度,就可以某基因得到单位长度有百分之多少的total mapped read 有表现。
全部回答
- 1楼网友:时光挺欠揍
- 2021-02-09 13:34
mapping结果的情况。
reads per kilobase of exon model per million mapped reads
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