我公司与某公司签订监理合同，他们盖的是总公司的章，但下面的打款银行写的是分公司的账号。

我公司与某公司签订监理合同，他们盖的是总公司的章，但下面的打款银行写的是分公司的账号。

严格来说是不可以的，除非将来你的公司不需要被审计。
1、款项只打给合同签订方，而不是分公司或子公司，同时，发票亦应该由款项接收方出具发票;
2、如果款项确实要打给分公司，那么需要与分公司、总公司签订一个三方协议，以证明汇款是得到总公司同意的，且证明分公司是有接收资格及开具发票能力的。
3、你出现这种情况，极有可能是分公司使用的是总公司的资质，但分公司又不想给总公司交管理费，所以直接截流了。
我公司以前就遇到过类似的情况，审计时很难解释，最后是整了个三方协议。