达尔文是个虔诚的教徒，但他的学说与圣经是对立的，他是怎么办的？

他不会从那时就不信基督教了吧

是，没错。
文艺复兴时期的人文主义者很多是天主教徒，但他们反对天主教的神学世界观呀。
所以他们也是和达尔文一样，是异教徒,是宗教神学的异端。