我们公司是属于云南省工商行政管理局，不是昆明市的

在昆明红盾网上注册的时候输进企业注册号，显示不存在，是不是应该去另外一个网站年检？

是的，请上云南省工商行政管理局的网站，昆明红盾只能检昆明市的

你可以看营业执照上盖的章，如是昆明市工商行政管理局，就是市，如是昆明市工商行政管理局盘龙分局就是区。