可以说一个水分子是由氢，氧两种元素组成的吗？还是只能说水是由氢氧两种元素组成？谢谢！

不能。
元素是对宏观角度而言，而分子、原子是从微观角度而言。
宏观对宏观，微观对微观，宏观包含微观（如：可以说水是由水分子聚集而成）。
所以只能说水分子由氢原子与氧原子“构成”
（注：构成相对微观而言，而组成相对宏观而言）

即只能说水是由氢、氧两种元素“组成”。