请教CYCLONEPRO烧写代码格式

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JTAG烧录可以用来下载到RAM或者烧录到ROM，但是AS只能烧录到ROM。
你出现的情况是，用JTAG下载的时候其实是烧录在RAM中的，由于FPGA是基于SRAM结构的，掉电会丢失，但是如果直接烧录到RAM中速度较快。而用AS烧录的时候，是先烧录到ROM中，也就是EPCS芯片中的(EPCS其实是专用串行FLSH存储芯片)，然后重新上电，FPGA会自动从EPCS中读取配置数据，将程序下载到RAM中。
所以你出现的情况差异就是在这里。

上面之所以会出现“fatal error”，是因为没有搞对security bytes. 在烧录的时候，该芯片会进入监控模式。 在监控模式中安全特性禁止对flash未授权的读写。 如果烧录器发送的security bytes和单片机内部的$fff6~$fffd中的数据不能对应相等，烧录器便不能正确读到单片机的flash内容，就会报错。