在网上申报时，填写附表二的“四、其他”栏，出现“辅导期纳税人不应该存在——

认证相符且本期申报抵扣数据 报表填写错误，修改后再报存”的对话框

但是公司确实已经不是辅导期了。 请问问题出现在哪里？

问题出在税局，即你公司已经过了辅导期取得正式一般纳税人资格了，但是有可能因为专管员或电脑管理员的疏忽，造成网上资料滞后未更新。
这种情况请及时联系你的税务专管员。

你可以马上跟税官联系一下，将情况说明，税官会给你答复 再看看别人怎么说的。