一家经营女装连锁店老板跑了，存货大部分被查封，里面的员工把存货拿出来转手卖给一家小服装店。

一家经营女装连锁店老板跑了，存货大部分被查封，里面的员工把存货拿出来转手卖给一家小服装店。

不合法。一切来路不正的货物都不允许进行销售。若追究起来，小服装店的老板会被法院追回查封的货物及已销售货物的钱款，不管其是否知情，在法律上，小服装店老板有了解货源是否正规的义务。当然，那要看法院查不查你。
楼主说大部分存货被查封，然未查封部分还是连锁店老板的财产，亦不可转手卖掉。
因此，小服装店销售这批衣服肯定是不合法的。